迷失岛3二周目的主要流程和一周目一样，只不过加入了几个新的密室场景。

1、首先来到海岸，拿起一个蓝色种子，随后去之前输密码的地方，变成了这样的游戏，很简单，把所有的绿框套在一起就行。

2、上船，把蓝色果子给船长，他会让路，进入船舱，红色盒子没有了，但是他依旧给了这样一张图，我也没用上，去那个红色盒子在的房间，给船长表妹一个红色果子，她会给你一个打火机。

3、把打火机给那个烧柴的，他会给你和之前一样的东西。

4、然后生火，进入神庙，这一点全部玩法和周目一一模一样。

5、跳转至召唤大三角，连图都和之前一样。进入到这里，有了点变化，进入放映厅的暗房。

6、打开右侧的盒子，拿出胶卷。把胶卷在盘子里洗，让你调色，这个时候去电脑旁的机器人镜子上看，因为镜子是反的，要把这四个颜色反过来，如图所示。

7、洗好的胶卷放在放映机上，在中间有一个片段写着“shell beach”，把shell打在电脑上，得到密码箱的密码。

8、撬棍从原本鱼缸的位置得到，用瓶子接满水给植物浇水，撬棍会被种出来。

9、然后就是周目一的内容了，点击章鱼头，他会碎裂，露出小漩涡，完结放字幕。